サトシはシンオウ地方での旅を終え、ヒカリ、タケシと別れカントー地方に帰還していた。
数日後、オーキド博士が学会でイッシュ地方に出かけるということでサトシとピカチュウ、母親のハナコはオーキド博士と一緒にイッシュ地方に旅行へ行くことに。
飛行機で辿り着いたイッシュ地方では、サトシがこれまで見たことの無いポケモンが多数いた。